| S-Table 4. A search of the Yuji Kohara expression data base (YKDB-http://dolphin.lab.nig.ac.jp/ ) for 51 randomly selected expression patterns. | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| YKDB | Expressed | Expression | Protein | ||||||||||
| Number(a) | Gene | Clone (b) | In Muscle? (c) | Description (d) | Description | ||||||||
| 1 | C03C10.1 | 80b9 | - | G, I, H | casein kinase I | ||||||||
| 2 | C04A11.2 | 62a9 | + | M | skeletal myosin heavy chain | ||||||||
| 3 | C05B5.3 | 557g4 | - | G | na | ||||||||
| 4 | C06A5.3 | 571d4 | - | G | transcription regulator Sir2-like protein | ||||||||
| 5 | C06G4.2 | 4b5 | + | U | Calpain family cysteine protease | ||||||||
| 6 | C07D8.6 | "609e5" | - | G, I | aldehyde reductase | ||||||||
| 7 | C08B11.4 | "2e12" | - | I | na | ||||||||
| 8 | C09D4.1 | "248e2" | - | I | na | ||||||||
| 9 | C14B9.8 | 46b8 | - | E, I, G | na | ||||||||
| 10 | C24G6.8 | 503b6 | - | E, G | na | ||||||||
| 11 | C25B8.1 | 315f10 | - | P | klq-1 voltage-gated potassium channel | ||||||||
| 12 | C32E8.8 | 468h7 | + | M, P | Patched family | ||||||||
| 13 | C33D12.6 | 599c6 | - | G, I | RAS-related | ||||||||
| 14 | C36E8.5 | 120c4 | + | U | beta tubulin | ||||||||
| 15 | C39D10.7 | 43c10 | - | E, G | Chitin binding Peritrophin-A domain | ||||||||
| 16 | C45B11.1 | 375d7 | - | I | serine/threonine kinase (PAK/STE20 subfamily) | ||||||||
| 17 | C46H11.7 | 408g10 | + | M | melanoma-associated chondroitin sulfate proteoglycan | ||||||||
| 18 | C49F5.2 | 54b9 | - | E | SET domain | ||||||||
| 19 | D1046.1 | "115e10" | - | E, G | glycine-rich RNA-binding protein | ||||||||
| 20 | D2005.5 | 487h10 | - | G | DEAD/DEAH box helicase | ||||||||
| 21 | F02A9.2 | 110c6 | + | M | SEC-2 protein | ||||||||
| 22 | F07A11.2 | 102c5 | - | N, E, G, P | glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase | ||||||||
| 23 | F18C12.3 | 476c2 | - | E, G | na | ||||||||
| 24 | F19H8.1 | 127h9 | - | I | trehalose phosphate synthase | ||||||||
| 25 | F22F4.3 | "53e5" | + | M, G, I | kinesin like protein KLP-13 | ||||||||
| 26 | F23C8.6 | 490d1 | - | E, G | na | ||||||||
| 27 | F29D11.2 | 422g3 | - | G | heat shock protein 83 | ||||||||
| 28 | F35H10.10 | 39f3 | + | M, P | 7 transmembrane receptor (metabotropic g | ||||||||
| 29 | F42G8.12 | 156b11 | + | U | Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane | ||||||||
| 30 | F47A4.3 | 273h6 | - | I | RhoGAP domain | ||||||||
| 31 | F52B5.3 | "135e4" | - | G | putative ATP-dependent RNA helicase A | ||||||||
| 32 | F53F4.5 | 290c2 | + | M | Flavin-binding monooxygenase-like | ||||||||
| 33 | F54H12.1 | 60d11 | + | U | mitochondrial aconitase | ||||||||
| 34 | K08H10.2 | 542c12 | - | G | na-very interesting pattern, but not muscle | ||||||||
| 35 | M01A10.2 | "406e4" | - | H | WD domain, G-beta repeat | ||||||||
| 36 | M117.2 | 106a3 | + | M, G, E | na-but very regulated RNA-in 3-fold, but not in L1-restricted to germline | ||||||||
| 37 | M88.6 | 104b11 | - | E | na-not certain, but a very interesting pattern | ||||||||
| 38 | R03G8.6 | 421h9 | - | S | microsomal aminopeptidase | ||||||||
| 39 | R05F9.12 | 42h8 | - | I | glycosyl hydralase; sucrase-isomaltase | ||||||||
| 40 | T01H3.4 | "554e4" | - | G | RmlD protein | ||||||||
| 41 | T04H1.4 | 409d6 | - | G | rad-50 DNA repair protein RAD50 like | ||||||||
| 42 | T05E7.3 | 220b5 | - | G, I | na | ||||||||
| 43 | T07G12.1 | 490d12 | - | G | na | ||||||||
| 44 | T20F10.1 | 36f12 | - | H | Protein kinase C terminal domain | ||||||||
| 45 | T25C12.3 | 38a1 | - | G | collagen alpha 3(VI) chain precursor | ||||||||
| 46 | W02D9.1 | 525d5 | - | G, E | DNA polymerase alpha subunit III (primase) | ||||||||
| 47 | W03G9.1 | 324b9 | - | N | neurotransmitter transporter | ||||||||
| 48 | Y113G7A.3 | 603g11 | - | H | sec23 gene product | ||||||||
| 49 | ZC410.4 | 19d5 | + | M, E, G | potassium channel chain n2P18 homolog | ||||||||
| 50 | ZK39.2 | "189e7" | - | I | Lectin C-type | ||||||||
| 51 | B0495.10 | 33d3 | - | not clear-not muscle | na | ||||||||
| 52 | AC3.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 53 | B0024.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 54 | B0207.12 | na | na | na | na | ||||||||
| 55 | B0228.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 56 | B0280.10 | na | na | na | na | ||||||||
| 57 | B0303.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 58 | B0361.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 59 | B0414.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 60 | B0524.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 61 | C01B10.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 62 | C01G10.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 63 | C02A12.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 64 | C02F4.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 65 | C04F12.10 | na | na | na | na | ||||||||
| 66 | C05D2.7 | 277f11 | no staining | na | na | ||||||||
| 67 | C06C6.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 68 | C08F11.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 69 | C09H10.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 70 | C10G8.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 71 | C12D5.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 72 | C13F10.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 73 | C15A7.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 74 | C15H9.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 75 | C16C4.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 76 | C17B7.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 77 | C17F3.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 78 | C18A11.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 79 | C18D4.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 80 | C18H7.9 | na | na | na | na | ||||||||
| 81 | C24A11.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 82 | C25E10.12 | na | na | na | na | ||||||||
| 83 | C25G6.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 84 | C26F1.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 85 | C27C7.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 86 | C28C12.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 87 | C29F3.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 88 | C30B5.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 89 | C31A11.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 90 | C31H5.4 | 141b10 | no staining | na | na | ||||||||
| 91 | C33H5.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 92 | C34D4.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 93 | C35A11.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 94 | C35E7.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 95 | C37H5.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 96 | C40H5.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 97 | C41H7.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 98 | C43E11.9 | na | na | na | na | ||||||||
| 99 | C44C1.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 100 | C45H4.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 101 | C47E8.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 102 | C50B8.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 103 | C50F2.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 104 | C51E3.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 105 | C52E2.C | na | na | na | na | ||||||||
| 106 | C53C9.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 107 | C54D2.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 108 | C55A1.10 | na | na | na | na | ||||||||
| 109 | C56A3.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 110 | D1007.11 | na | na | na | na | ||||||||
| 111 | D2045.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 112 | DH11.1 | "596e7" | no staining | na | na | ||||||||
| 113 | E02H1.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 114 | E03H4.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 115 | F01D4.5 | 613c9 | no staining | na | na | ||||||||
| 116 | F07E5.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 117 | F08B6.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 118 | F08G12.3 | 247d2 | no staining | na | na | ||||||||
| 119 | F09C6.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 120 | F10C2.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 121 | F11A5.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 122 | F11G11.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 123 | F13A7.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 124 | F13E9.1 | 557a4 | no staining | na | na | ||||||||
| 125 | F14B8.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 126 | F14F8.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 127 | F15A8.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 128 | F16F9.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 129 | F17C11.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 130 | F19B10.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 131 | F20D6.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 132 | F21C3.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 133 | F21G4.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 134 | F21G4.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 135 | F22B7.9 | na | na | na | na | ||||||||
| 136 | F25B4.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 137 | F26A1.9 | na | na | na | na | ||||||||
| 138 | F26G5.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 139 | F28C6.10 | 170f3 | no staining | na | na | ||||||||
| 140 | F31F4.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 141 | F32H2.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 142 | F35C11.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 143 | F36H12.15 | na | na | na | na | ||||||||
| 144 | F38A5.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 145 | F39F10.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 146 | F40G12.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 147 | F41E7.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 148 | F44B9.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 149 | F45D11.D | na | na | na | na | ||||||||
| 150 | F46B3.9 | na | na | na | na | ||||||||
| 151 | F47H4.11 | na | na | na | na | ||||||||
| 152 | F49C12.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 153 | F53A2.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 154 | F54C9.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 155 | F55F10.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 156 | F56C3.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 157 | F56H9.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 158 | F57G8.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 159 | F58F9.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 160 | F59B2.10 | na | na | na | na | ||||||||
| 161 | H01G02.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 162 | H12D21.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 163 | H28G03.2 | 564f8 | no staining | na | na | ||||||||
| 164 | K01G12.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 165 | K02F3.6 | 717b12 | no staining | na | na | ||||||||
| 166 | K03H9.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 167 | K05F1.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 168 | K07B1.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 169 | K08B4.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 170 | K09H11.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 171 | K11D12.7 | 604g1 | no staining | na | na | ||||||||
| 172 | M03A1.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 173 | R07B7.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 174 | R08H2.11 | na | na | na | na | ||||||||
| 175 | R10D12.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 176 | R11G11.10 | na | na | na | na | ||||||||
| 177 | R13F6.9 | na | na | na | na | ||||||||
| 178 | R90.1 | 607h3 | no staining | na | na | ||||||||
| 179 | T03F1.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 180 | T06E6.11 | na | na | na | na | ||||||||
| 181 | T08G5.8 | na | na | na | na | ||||||||
| 182 | T10B9.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 183 | T11F9.6 | na | na | na | na | ||||||||
| 184 | T13F2.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 185 | T15H9.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 186 | T19C4.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 187 | T21G5.1 | 701d7 | no staining | na | na | ||||||||
| 188 | T22H6.5 | na | na | na | na | ||||||||
| 189 | T23H4.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 190 | T26H5.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 191 | T28A11.19 | na | na | na | na | ||||||||
| 192 | W01A11.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 193 | W05H5.7 | na | na | na | na | ||||||||
| 194 | W08D2.1 | na | na | na | na | ||||||||
| 195 | W10G11.13 | 410f10 | no staining | na | na | ||||||||
| 196 | Y106G6A.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 197 | Y116F11A.Z | na | na | na | na | ||||||||
| 198 | Y15E3B.G | na | na | na | na | ||||||||
| 199 | Y23B4A.A | na | na | na | na | ||||||||
| 200 | Y47D9A.D | na | na | na | na | ||||||||
| 201 | Y95B8A_84.B | na | na | na | na | ||||||||
| 202 | ZC204.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 203 | ZC581.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 204 | ZK1127.2 | 57b7 | no staining | na | na | ||||||||
| 205 | ZK180.2 | na | na | na | na | ||||||||
| 206 | ZK377.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 207 | ZK546.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 208 | ZK673.4 | na | na | na | na | ||||||||
| 209 | ZK84.3 | na | na | na | na | ||||||||
| 210 | ZK994.1 | na | na | na | na | ||||||||
| (a) The YKDB was searched by first alphabetically arranging the 17703 genes that was considered in the analysis. | |||||||||||||
| The expression pattern of every hundredth gene was investigated. | |||||||||||||
| After going through the entire genome this way, there was still not 50 genes with RNA in situ expression patterns, | |||||||||||||
| so I began at the top of the list looking at every hundredth gene, but starting at number 50. | |||||||||||||
| The number of genes with expression patterns was miscounted, ending up with 51 (numbers 1-51). | |||||||||||||
| (b) The clone in YKDB from which the expression pattern was obtained. | |||||||||||||
| For technical reasons, those clones with the letter "e" are surrounded by quotation marks by us. | |||||||||||||
| Those genes that were examined, but no expression data could be found do not have a clone name. | |||||||||||||
| (c) If the RNA in situ pattern was consistent with the staining of the positive controls (see S-Table 2), | |||||||||||||
| then a "+" was scored for the gene. | |||||||||||||
| If the gene was shown to be expressed anywhere at anytime in the animal, but not in muscle, the gene received a "-" | |||||||||||||
| If a clone was examined in the YKDB, but showed no obvious expression, it was scored as "no staining" | |||||||||||||
| (d) The expression pattern is summarized as being expressed in muscle (M), intestine (I), germline/gonad (G), | |||||||||||||
| hypodermis (H), embryos (E), ubiquitous (U), sperm/spermatheca (S), neurons (N) | |||||||||||||