S-Table 6. A list of genes that show undetectable hybridization signals in
DNA microarray experiments using RNA from L1 animals.
    In 1364
Gene (a)   List? (b)
0C24D10.5  -
0C33C12.1  -
0F01D5.10  -
0K07E8.1  -
0T05G11.4  -
0T08G5.3  -
0T19C3.7  -
0T27C5.1  -
0W01B11.1  -
0W02B3.4  -
0W09C5.2  -
0W09C5.4  -
0Y11D7A.9  -
1C09E8.1  -
1C17H12.11  -
1C18B12.5  -
1C18C4.7  +
1T15H9.3  -
1Y62H9A.12  -
1Y73C8C.1  -
2L52.1  -
2T04A8.2  +
2T25B2.2  -
2T28A8.2  -
2ZK262.7  -
2ZK39.2  -
3C09G1.3  -
3F07F6.5  -
3R13D7.4  -
3T10D4.4  -
3T27A8.2  -
3T28A11.7  -
3W03D8.7  -
3Y11D7A.7  -
3Y6B3B.11  -
4C54E10.5  -
4F01D5.9  -
4K02E2.5  -
4R13D11.5  -
4R79.2  -
4T01G9.1  -
4T16G1.3  -
4T19D12.8  -
4W04D2.3  -
5C08B6.6  -
5C25B8.4  -
5C55C2.4  -
5F10A3.3  -
5T06A10.3  -
5T08G3.11  -
5T10D4.10  -
5T25D3.4  -
5W03A5.4  -
5W06D12.6  -
5Y17G7B.6  -
5Y37A1B.4  -
6C18F3.3  -
6R55.2  -
6T16G1.8  -
6T23G4.5  -
6Y68A4A.1  -
7C24H10.3  -
7C53A3.1  -
7T03A1.3  -
7T26E3.1  -
7T27C5.10  -
7Y102A5C.2  -
8C07D10.3  -
8T01C4.3  -
8T28A11.11  -
8W04E12.2  -
8W08E3.4  -
8Y11D7A.5  -
8ZC53.6  -
9C54G7.1  -
9T28H10.2  -
9W04C9.3  -
9W10C8.3  -
AC3.1  -
AC3.3  -
AC3.4  -
AC3.7  -
AH10.1  -
AH10.2  -
AH6.1  -
AH6.11  -
AH6.12  -
AH6.13  -
AH6.14  -
AH6.2  -
AH6.3  -
AH6.4  -
AH6.6  -
AH6.7  -
AH6.8  -
AH6.9  -
AH9.3  +
AH9.4  -
B0024.3  -
B0024.6  -
B0024.8  -
B0034.2  -
B0034.4  -
B0041.1  -
B0047.1  -
B0047.2  -
B0047.4  -
B0047.5  -
B0198.1  -
B0205.10  -
B0205.2  -
B0205.4  -
B0205.5  -
B0207.1  -
B0207.10  -
B0207.11  -
B0207.5  -
B0207.7  -
B0207.8  -
B0207.9  -
B0212.1  +
B0212.2  -
B0212.3  -
B0212.5  -
B0213.1  -
B0213.10  -
B0213.11  -
B0213.12  -
B0213.16  -
B0213.7  -
B0213.8  -
B0213.9  -
B0218.5  -
B0218.7  -
B0222.2  -
B0222.4  -
B0228.5  -
B0228.8  -
B0228.9  -
B0238.2  -
B0238.3  -
B0238.4  -
B0238.5  -
B0238.6  -
B0238.7  -
B0244.4  -
B0244.7  -
B0244.8  -
B0244.9  -
B0252.5  -
B0252.6  -
B0261.5  -
B0261.6  -
B0273.1  -
B0273.3  -
B0281.2  -
B0281.4  -
B0281.5  -
B0281.6  -
B0284.4  -
B0294.2  +
B0302.2  -
B0302.4  -
B0302.6  -
B0303.5  -
B0303.8  -
B0304.2  -
B0304.5  -
B0304.6  -
B0304.7  -
B0310.2  -
B0310.4  -
B0310.6  -
B0331.1  -
B0331.2  -
B0334.10  -
B0334.9  -
B0336.12  -
B0336.8  -
B0348.1  -
B0348.5  -
B0350.3  -
B0353.1  -
B0365.7  -
B0379.2  -
B0379.6  -
B0379.7  -
B0391.1  -
B0391.10  -
B0391.3  -
B0391.4  -
B0391.7  -
B0393.4  -
B0393.5  -
B0393.6  -
B0395.2  -
B0399.1  -
B0403.1  -
B0403.3  -
B0412.1  -
B0413.2  -
B0413.4  -
B0413.6  -
B0414.1  -
B0414.5  -
B0414.6  -
B0416.1  -
B0416.2  -
B0416.4  -
B0432.1  -
B0432.11  -
B0432.12  -
B0432.5  -
B0454.2  -
B0454.3  -
B0454.4  -
B0457.3  -
B0457.4  -
B0462.1  -
B0462.2  -
B0462.3  -
B0478.2  -
B0478.3  -
B0491.3  -
B0495.1  -
B0496.4  -
B0496.5  -
B0496.6  -
B0496.7  -
B0507.1  +
B0507.5  -
B0507.6  -
B0507.7  -
B0507.8  -
B0507.9  -
B0511.11  -
B0511.3  -
B0511.4  -
B0511.5  -
B0513.4  -
B0513.6  -
B0523.1  -
B0524.1  -
B0524.2  -
B0524.3  -
B0524.4  -
B0524.5  -
B0524.6  -
B0546.5  -
B0547.2  -
B0547.4  -
B0554.3  -
B0554.4  -
B0554.7  -
B0554.8  -
B0554.9  -
B0563.1  -
B0563.5  -
B0563.7  -
B0563.8  -
B0564.10  -
B0564.6  -
BE10.1  -
BE10.3  -
C01A2.1  -
C01A2.2  -
C01A2.6  -
C01B10.4  -
C01B10.7  -
C01B12.4  -
C01B12.5  -
C01B4.1  -
C01B4.2  -
C01B7.2  -
C01B7.3  -
C01F1.4  -
C01F1.5  +
C01F4.1  -
C01F4.3  -
C01F6.2  -
C01G10.1  -
C01G10.13  -
C01G10.14  -
C01G10.2  -
C01G12.3  -
C01G12.5  -
C01G12.6  -
C01G12.8  -
C01G5.3  -
C01G5.4  -
C01G5.7  -
C01G6.3  -
C01G6.9  -
C01G8.1  -
C01H6.1  -
C01H6.6  -
C01H6.9  -
C02A12.2  -
C02A12.3  -
C02A12.6  -
C02A12.7  -
C02B10.6  -
C02B4.3  -
C02B8.1  -
C02B8.2  -
C02B8.4  -
C02B8.5  -
C02B8.7  -
C02E7.11  -
C02E7.12  -
C02E7.13  -
C02E7.14  -
C02E7.3  -
C02E7.4  -
C02E7.5  -
C02E7.8  -
C02E7.9  -
C02F12.1  -
C02F12.3  -
C02F12.5  -
C02F4.3  -
C02F4.4  -
C02F4.5  -
C02F5.2  -
C02F5.5  -
C02H6.1  -
C02H6.2  -
C02H7.2  -
C03A3.3  -
C03A7.1  -
C03A7.10  -
C03A7.13  -
C03A7.2  -
C03A7.3  -
C03A7.5  -
C03A7.6  -
C03A7.8  -
C03A7.9  -
C03B1.1  -
C03B1.10  -
C03B1.2  -
C03B1.3  -
C03B1.4  -
C03B1.9  -
C03B8.1  -
C03B8.3  -
C03C10.2  -
C03C10.5  -
C03C11.1  -
C03C11.2  -
C03D6.6  -
C03E10.1  -
C03E10.2  -
C03E10.3  -
C03E10.6  -
C03G6.1  -
C03G6.10  -
C03G6.11  -
C03G6.12  -
C03G6.13  -
C03G6.16  -
C03G6.2  -
C03G6.5  -
C03G6.7  -
C03G6.9  -
C03H5.4  -
C03H5.7  -
C04B4.1  -
C04B4.2  -
C04B4.3  -
C04B4.4  -
C04B4.5  -
C04B4.6  -
C04C11.1  -
C04C3.1  -
C04C3.2  -
C04C3.7  -
C04E12.1  -
C04E12.10  -
C04E12.5  -
C04E12.6  -
C04E12.8  -
C04E6.10  -
C04E6.12  -
C04E6.2  -
C04E6.3  -
C04E6.4  -
C04E6.5  -
C04E6.8  +
C04E6.9  -
C04E7.1  -
C04F1.1  -
C04F1.3  -
C04F12.1  -
C04F12.9  -
C04F2.1  -
C04F2.4  -
C04F5.1  -
C04F5.4  -
C04F5.5  -
C04F5.6  -
C04F6.2  -
C04F6.3  +
C04G2.10  -
C04G2.11  -
C04G2.2  -
C04G2.4  -
C04G2.5  -
C04G2.7  -
C04G2.8  +
C04G2.9  -
C04G6.2  -
C04G6.6  +
C04H5.3  -
C04H5.4  -
C05A9.2  -
C05A9.3  -
C05B5.1  -
C05B5.2  -
C05C10.1  -
C05C10.5  -
C05C12.5  -
C05C12.6  -
C05C8.8  -
C05C9.1  -
C05C9.2  -
C05D11.6  -
C05D12.4  -
C05D12.5  -
C05D2.3  -
C05D9.4  -
C05E11.2  -
C05E4.10  -
C05E4.11  -
C05E4.13  -
C05E4.2  -
C05E4.4  -
C05E4.5  -
C05E4.6  -
C05E4.7  -
C05E7.1  -
C05E7.4  -
C05G5.5  -
C06A1.2  -
C06A1.6  -
C06A12.4  -
C06A12.5  -
C06A5.1  -
C06A5.2  -
C06A5.4  -
C06A5.6  -
C06A5.8  -
C06A5.9  -
C06A8.6  -
C06A8.7  -
C06B3.1  -
C06B3.10  -
C06B3.11  -
C06B3.7  -
C06B3.9  -
C06B8.1  -
C06B8.4  -
C06B8.6  -
C06C3.7  -
C06C3.8  -
C06C6.1  -
C06C6.2  -
C06C6.6  -
C06C6.9  -
C06E1.2  -
C06E1.3  -
C06E1.6  -
C06E1.7  -
C06E2.2  -
C06E2.7  -
C06E4.1  -
C06E4.4  -
C06E4.6  -
C06E4.8  -
C06E7.6  -
C06E7.7  -
C06E8.1  -
C06G1.1  -
C06G1.2  -
C06G3.12  -
C06G3.4  -
C06G3.8  -
C06G8.4  -
C07A4.1  -
C07A4.3  -
C07A9.1  -
C07A9.10  -
C07A9.12  -
C07A9.5  -
C07A9.6  +
C07B5.3  -
C07B5.6  -
C07C7.1  -
C07D8.2  -
C07D8.3  -
C07D8.5  -
C07E3.10  -
C07E3.3  -
C07E3.6  -
C07E3.8  -
C07E3.9  -
C07F11.D  -
C07G1.2  -
C07G1.6  -
C07G1.7  -
C07G3.3  -
C07G3.4  -
C07G3.6  -
C07G3.7  -
C07G3.8  -
C07H6.2  -
C08A9.1  -
C08A9.2  -
C08A9.4  -
C08A9.5  -
C08A9.6  -
C08A9.7  -
C08A9.9  -
C08B6.10  -
C08B6.5  -
C08C3.1  -
C08C3.3  -
C08D8.1  -
C08E3.11  -
C08E3.12  -
C08E3.2  -
C08E3.3  -
C08E3.4  -
C08E3.5  -
C08E3.6  -
C08E3.8  -
C08E8.2  -
C08F1.1  -
C08F1.3  -
C08F1.7  -
C08F1.9  -
C08F11.10  -
C08F11.11  -
C08F11.2  -
C08F11.4  -
C08F11.9  -
C08F8.4  -
C08F8.5  -
C08F8.6  -
C08G5.1  -
C08G5.2  -
C08G5.3  -
C08G5.4  -
C08G5.6  -
C08G9.2  -
C08H9.10  -
C08H9.11  -
C08H9.13  -
C08H9.14  -
C08H9.3  -
C08H9.4  -
C08H9.6  -
C08H9.8  -
C09B7.1  -
C09B8.3  -
C09B9.1  -
C09B9.2  -
C09B9.4  -
C09B9.5  -
C09B9.6  -
C09B9.7  -
C09D4.3  -
C09D4.6  -
C09D8.2  -
C09E10.1  -
C09F12.2  -
C09F5.3  -
C09F9.1  -
C09F9.2  -
C09F9.4  +
C09G1.1  -
C09G1.4  -
C09G12.2  -
C09G12.3  -
C09G12.4  -
C09G12.5  -
C09G12.6  -
C09G5.8  -
C09G9.3  -
C09G9.4  -
C09G9.6  -
C09G9.7  -
C09H10.1  -
C09H10.4  -
C09H10.5  -
C09H10.9  -
C09H5.1  -
C09H5.3  -
C09H5.4  -
C09H5.5  -
C09H5.6  -
C09H5.7  -
C09H5.8  -
C09H5.9  -
C10A4.1  -
C10A4.3  -
C10A4.4  -
C10A4.5  -
C10A4.7  -
C10B5.1  -
C10C5.3  -
C10C5.4  -
C10C5.5  -
C10C6.3  -
C10E2.1  -
C10E2.4  -
C10F3.2  -
C10G11.1  -
C10G11.2  -
C10G11.3  -
C10G11.4  -
C10G11.8  -
C10G11.9  +
C10G8.1  -
C10G8.2  -
C10G8.3  -
C10G8.4  -
C10H11.10  -
C10H11.7  -
C10H11.8  -
C11E4.3  -
C11E4.7  -
C11G6.2  -
C11H1.1  -
C11H1.4  -
C11H1.6  -
C12D12.4  -
C12D12.6  -
C12D5.1  -
C12D5.10  -
C12D5.4  +
C12D5.5  -
C12D8.12  -
C12D8.4  -
C12D8.8  -
C13A2.1  -
C13A2.10  -
C13A2.11  -
C13A2.2  -
C13A2.3  -
C13A2.4  -
C13A2.6  -
C13A2.7  -
C13A2.9  -
C13B7.1  -
C13B7.4  -
C13B9.2  -
C13C12.2  -
C13C4.4  -
C13C4.6  -
C13D9.2  -
C13D9.3  -
C13D9.4  -
C13D9.5  -
C13D9.6  -
C13D9.8  -
C13G5.1  -
C14A11.1  -
C14A11.4  -
C14A4.10  -
C14A4.13  -
C14A4.8  -
C14A4.9  -
C14A6.3  -
C14B1.2  -
C14B1.7  -
C14B1.9  -
C14B4.1  -
C14B4.2  -
C14C10.1  -
C14C11.1  -
C14C11.2  -
C14C11.5  -
C14C11.8  -
C14C6.10  -
C14C6.11  -
C14C6.12  -
C14C6.13  -
C14C6.3  -
C14C6.4  -
C14C6.6  -
C14C6.7  -
C14C6.8  -
C14C6.9  -
C14E2.1  -
C14E2.3  -
C14E2.6  -
C14F11.4  -
C14F5.2  -
C14H10.4  -
C15A11.2  -
C15A11.4  -
C15A7.2  -
C15B12.2  -
C15B12.3  -
C15C6.1  -
C15C7.3  -
C15C7.6  -
C15C8.2  -
C15C8.6  -
C15C8.7  -
C15F1.A  -
C15F1.D  -
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ZC53.1  +
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ZK1127.2  -
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ZK1225.5  -
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ZK262.6  -
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ZK287.8  -
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ZK354.11  +
ZK354.3  -
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ZK455.5  -
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ZK596.3  -
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ZK6.2  -
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ZK6.8  -
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ZK617.3  -
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ZK792.3  -
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ZK813.3  -
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ZK84.5  -
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ZK856.4  -
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ZK938.4  -
ZK938.6  -
ZK945.4  -
ZK945.5  -
ZK945.6  -
ZK945.7  -
ZK945.9  -
ZK970.5  -
ZK970.6  -
ZK973.D  -
ZK973.J  -
ZK994.1  -
ZK994.4  -
ZK994.5  -
ZK994.6  -
(a) To get an estimate of the number of genes not expressed in L1s, the 51 germline positive controls that are not expressed in L1s (see S-
Table rows 40-90) were used to establish a threshold of microarray signal below which it would be unlikely that genes are expressed.  To
establish this threshold, the net median signal of the 51 germline positive controls was measured from a set of 44 microarrays that measured
the ratio of the corresponding mRNA from wildtype L1 animals to that of a reference mRNA. The 44 repeats represented an L1 population of
mixed L1 ages, since three to four repeats were done on synchronized L1s from hatching to hour 12, every hour. Considering the
normalized median signal of the 51 germline positive controls from these arrays, the threshold was established. In total, there were 7681
genes that had undetectable signal on these 44 microarrays. Of these, 132 are coincident with the list of 1364 muscle-expressed genes.
(b) If the gene was present in the list of 1364 "muscle-expressed" genes, it was given a "+" score.